Smart Brain, công ty mạnh nhất trên thế giới, đang lợi dụng những sinh vật được gọi là Orphnoch. Các Orphnoch được gọi là "sự tiến hóa tiếp theo của loài người. Chúng hằng ngày đi tìm kiếm con người và hút lấy trái tim (sự sống) của họ và biến họ thành những Orphnoch. Để che giấu điều này, công ty Smart Brain đã tạo ra 3 thắt lưng được gọi là Rider Gear: Faiz, Kaixa và Delta để tìm kiếm và bảo vệ cho vua của loài Orphnoch.

Rider Gear đã bị đánh cắp bởi Hanagata - chủ tịch của công ty Smart Brain, Goat Orphnoch và tổng giám đốc tiền nhiệm công ty Smart Brain. Ông gửi cho con nuôi của mình (được gọi là "Ryuseji") sau khi họ tham dự lễ tốt nghiệp với hy vọng có thể phá vỡ kế hoạch của các Orphnoch. Tuy nhiên, công ty Smart Brain đã rất khôn khéo khi chế tạo 3 Rider Gear. Không có một con người bình thường nào có thể sử dụng được nó, chỉ có những người mang trong mình ADN của Orphnoch mới có thể sử dụng.

Vào đêm mà các Ryuseji tham dự lễ tốt nghiệp, khi họ đang vui chơi thì nhìn thấy 1 Orphnoch (sau này được xác định là 1 thành viên của Lucky Clover) và các Orphnoch khác mai phục và tiêu diệt. Trước khi chết, một người trong đó còn thấy rõ một Orphnoch cố gắng cứu lấy Ryuseji.

Một chàng trai trẻ lang thang tên Inui Takumi, vô tình bị lôi vào cuộc xung đột giữa con người và Orphenoch khi anh cố gắng cứu lấy Sonoda Mari (một trong những "Ryuseji"), khi cô bị một Orphnoch tấn công. Takumi trở thành Kamen Rider Faiz để tiêu diệt con Orphnoch đó. Công ty Smart Brain bắt đầu nhắm vào Takumi trong nỗ lực lấy lại Faiz Gear.

Tuy nhiên, một số Orphnoch không muốn giết con người. Họ mong muốn được sống chung, gần gũi với con người. Để đảm bảo điều đó, họ đã tiêu diệt những Orphnoch muốn săn lùng, gây hại cho con người và bắt đầu chống lại công ty Smart Brain. Hầu hết các Orphnoch đó đều bị tiêu diệt, giữ lại, trung lập hoặc đứng theo bên các Ryuseji để chống lại Smart Brain.

Khi cảnh sát Tokyo khám phá ra được đằng sau những Orphnoch đó là những vụ giết người bí ẩn, họ bắt đầu nghi ngờ, giết chết những con Orphnoch đó, và giữ lại để nghiên cứu vũ khí có thể hạ được, mặc dù không cho ra kết quả như mong đợi.

Vua Orphnoch đã được đánh thức bên trong người của một cậu bé có tên Suzuki Teruo, người mà Naoya Kaido và Kikuchi Keitaro đã kết bạn. Các Rider phải liên kết với nhau để tiêu diệt nhằm đảm bảo sự sống còn cho nhân loại.